肉体的には大人だが、知能障害のあるチャーリィーは、いつも皆のからかいの的。でもそれすらも彼は気付かない。しかし脳手術によって、誰よりも優れた頭脳の持ち主となった。人生に喜びを感じ始めた時、同じ脳手術を受けたねずみのアルジャーノンの死を見て、チャーリィーは自分の未来を知り…。