ジュラシック・パークから４年。あの島では、人知れず恐竜たちが繁栄していた。調査隊として派遣されたイアンだが、そこで恐竜をサンディエゴに運ぼうとする集団に会う。それはジュラシック・パークを作ったハモンドの甥、ルドローでジュラシック・パークの再生を企んでいた…。